「ファイル」タブから 「アカウント設定」→「アカウント設定」を選択します。

対象アカウントを選択した上で「変更」を選択します。

「サーバーにメッセージのコピーを残す」にチェックが入っていることを確認してください。
「サーバーから削除する」にチェックを入れてください。
メッセージのコピーを削除する日数を設定してください。
設定後「次へ」ボタンをクリックして設定を適用してください。
※日数を長めに設定してしまうと、サーバの容量が一杯になりメールを受信できなくなることがあります。
（受信する頻度やデータ量にもよりますが、「7日後」を推奨しております。）